Soru arşivi yükleniyor…
Sorular yükleniyor…
Sınav ve konu sorularıyla çalış. Cevabını kontrol et, zorlandığın soruları kaydet ve yeniden çöz.
214 sorunun metninde arama yapabilirsin.
Diğer 3 görselli soruları kendi sayfalarında çözebilirsin.
Kendi cevabını düşün, sonra yayımlanmış cevapla karşılaştır. Değerlendirmeyi sen yaparsın.
İlerleme yükleniyor…
Elektron mikroskobunda (EM) ışık yerine elektron akımı, cam mercekler yerine ise elektromanyetler kullanılır. EM’de ışık kaynağı, elektron aygıtında ısıtılan tungsten tellerinden çıkan elektron akımı, elektronun geçtiği ortam havasız ve mercekler elektromanyetiktir. Odak ayarlama ve büyütmeyi değiştirme ise manyetik merceklere akım ayarlanması ile yapılır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Işığın dalga boyu ile sınırlandırılan düzenlemeden ayrı olarak elektron mikroskobu ışık mikroskobundan 500 kez büyük ayrım gücüne sahiptir. İyi bir ışık mikroskobu bir objeyi sadece yaklaşık 1500 kez ayrıntı kaybı olmaksızın büyütebilir. EM ise 500000 üzerinde büyütme yapabilir. EM ile bir toplu iğne başı büyüklüğündeki bir obje, ayrıntı kaybı olmaksızın bir kilometrenin üzerinde bir çapa sahip olabilecek şekilde büyütülebilir. Aynı şekilde 10 mikrometre çaplı bir hücre 5 metrelik bir çapla görülebilir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Elektron mikroskobunda kullanılan elektronların dalga boyları yaklaşık 0.005 nm’dir. Bu değer, görünür ışığın dalga boyundan yaklaşık 100.000 kat daha kısadır. Hızlandırılmış elektronların akımı şeklinde odaklamak için sıradan cam mercekler kullanılmamaktadır çünkü cam onları dağıtmaktadır. Bu nedenle TEM’de manyetik mercekler kullanılmaktadır. Ancak her elektron manyetik güce tepki veren bir elektrik yükü taşımaktadır. Bir manyetik alan, elektronları belirli yollarından ve kanallarından fokal bir noktaya saptırmaktadır. Teorik olarak, 100.000 voltluk bir voltajda kullanılan bir TEM, yaklaşık 0.002 nm’lik bir ayırım gücüne sahiptir. TEM’de objeden geçen elektron akımı ile görüntü sağlanır. Görüntü fluoresans veren bir ekranda incelenir ve fotoğrafı çekilir. Örnekteki yoğun bölgeler daha fazla elektron saçtığından daha koyu görünürler. Elektronlar bir vakum içinde hareket etmelidirler. Aksi hâlde molekülleri havada gelişigüzel dağılacaktır. Hücreler vakum içinde canlılığını devam ettiremezler. Bu nedenle, canlı hücreler bu kadar büyütmede görülemezler. Ayrıca elektron dağılımıyla farklı yapıların yoğunluğu uygun gelmesi için örnekler aşırı derecede küçük parçalara ayrılmalıdır. Yapının yoğunluğu ne kadar büyükse dağılımda da o kadar büyük olacağından net görüntü sağlamak zorlaşır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
TEM için plastik kılıfa alınan doku veya hücrelerin kesilmesi ile çok ince bir kesit hazırlanır. Plastik kılıf bir cam veya elmas bıçak ile kesilir ve daha sonra küçük metal bir sahada preparasyonlar yerleştirilir. Elektron akımı objenin içinden geçer ve sonra fotoğrafik levha veya bir floresan ekrana düşer. Objenin atom sayısı ne kadar fazla ise elektron dağılımı o kadar fazla olur. Biyolojik yapıların atom sayıları düşük olması nedeniyle molekül yapılarına uranil asetat, osmiyum tetroksit, kurşun sitrat gibi ağır metal bileşikleri kullanılarak ağır atomlar eklenir. Böylece bu metallerin tuzları elektron boyaları olarak iş görür. Elektron mikroskobu ile çekilen resime ise elektron mikrografı adı verilir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
TEM, patoloji ve mikrobiyoloji laboratuvarlarında rutinde kullanıma girmiş ve patolojik biyopsilerde tanıya yardımcı olmuştur. Beyin dokusu ve BOS örnekleri, lenf düğümü stromal bileşenleri ve lenfoma tanılarında kemik iliği incelemesi, hasarlı ya da anormal yapıların değerlendirilmesi, kan kültürlerinin incelenmesi, doku mühendisliği uygulamaları, hücre ve doku kültürünün yapısal incelemeleri, embriyonel dokuların incelenmesinde, tümör tanılarında, konjenital metabolik hastalıkların tanısında TEM’den yararlanılır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
SEM’de görüntü objenin içinden geçen elektronlarla değil, objenin yüzünden verilen elektronlardan oluşur. Obje ince bir altın film ile kaplanır. Elektronlar objenin yüzeyinde çeşitli noktalara çarptığında ikinci elektronlar yüzeyin çevresindeki kuvvetli değişim ile yayılırlar. SEM’in ayırım gücü sadece 10 nm olmasına rağmen, bu alet biyologlar için oldukça önemlidir. Elektronların bir hayal şeklindeki objenin içinden geçtiği TEM’lerin aksine, SEM’de elektronlar objenin yüzeyinden yayılır ya da dağılır. Objenin üzerinden hızlıca geçen elektron akımı ince bir proba odaklanır. Üstten alta tarama sadece birkaç dakika alır. Objenin yüzeyindeki değişimler, örnekten yayılan elektronların olduğu yerde motif gibi görünür. Bu motifte delikler ve yarıklar karanlık, tepecikler ve çatılar ise açık görünür. Sadece objenin yüzey özellikleri SEM ile çalışabilir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
SEM, bütün hücrelerin, dokuların ve değişik yapıların yüzeylerini çalışmada kullanılır. Anatomi, fizyoloji, biyokimya, mikrobiyoloji, patoloji, toksikoloji gibi tıbbın pek çok alanınıda, madde bilimleri (maddelerin içerik analizleri), malzeme araştırmaları, pürüzlü yüzeylerin incelenmesi, üç boyutlu cisim incelemesi ve yüzey topografyası, malzeme hasarlarının incelemesi, diş hekimliği, arkeoloji, tekstil, chip üretimi, sanayide hata analizleri gibi pek çok alanda da SEM’den yararlanılır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
DNA örneği kan, tükürük, saç kökü ve amniyon sıvısı gibi içinde çekirdekli hücre bulunduran her türlü materyalden elde edilebilir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
DNA ve RNA izolasyonu manuel yöntemlerle yapılabildiği gibi otomatize sistemler de kullanılmaktadır. İzolasyon üç temel basamak içerir: 1. Hücrenin paralanması ve DNA ya da RNA molekülünün açığa çıkartılması, 2. DNA’nın protein kompleksinden ayrılması ve çözünür hâle getirilmesi, 3. Çeşitli fiziksel ya da kimyasal yöntemler ile DNA ya da RNA’nın proteinler ve diğer makro moleküllerden ayrılması. Bu basamaklar manuel olarak uygun kimyasallar ve kitlerle yapılabileceği gibi otomatize kapalı sistemler ile de gerçekleştirilebilir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
İzolasyon cihazlarının hemen hepsinde kapalı bir kabin içinde uygun miktarda kimyasalı pipetleyen otomatik bir kol ile kimyasalı uygun sürede ve uygun ısıda örnekle muameleye olanak sağlayan ve eğer gerekliyse pipetaj ya da vibrasyon yapan tabla sistemleri kullanılır. Tüm bu sistem geliştirilmiş özel bilgisayar programı ile kontrol edilir. İzolasyonun otomatize olması hem daha kısa sürede daha çok örneğin izolasyonuna imkân verir hem de kontaminasyon (bulaşma) riskini en aza indirir. Kontaminasyon hem elde edilmek istenen örneğe bir başka materyalin bulaşmaması hem de izolasyonu yapan laboratuvar çalışanına örnekten herhangi bir patojen bulaşmamasını ifade eder. Ayrıca kapalı otomatize sistemler insan müdahalesini en aza indirerek standardizasyonu yükseltir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Özgün bir DNA örneği üzerinde moleküler analizlerin yapılabilmesi için DNA molekülünün istenen kısmının çoğaltılması gerekir. İn vivo koşullarda DNA molekülü replikasyon ile çoğalır. DNA sarmalının açılarak iki atasal zincirin karşısına yeni zincirlerin sentezlenmesi replikasyon olarak adlandırılır. Replikasyon hücrede bölünmeyi takiben her yavru hücreye özdeş genetik materyal dağılmasını sağlar. DNA molekülü in vitro koşullarda polimeraz zincir reaksiyonu adı verilen bir dizi işlem ile çoğaltılır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
PCR yöntemi, avantajları nedeniyle moleküler biyoloji, tıp, adli tıp, arkeoloji gibi pek çok farklı alanda uygulanabilen bir yöntem olmuştur. PCR ile çok az sayıda hücre içeren değişik materyallerden elde edilen bir mg’dan daha az DNA materyalinden kısa bir süre içinde çok miktarda DNA kopyası elde edilebilir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
PCR’nin gerçekleşebilmesi için ortamda, çoğaltılmak istenen DNA fragmenti, iki adet tek dallı oligonükleotit (5’ ve 3’ primerleri) ve bunlara ek olarak ısıya dayanıklı Taq DNA polimeraz enzimi, uygun deoksiribonükleotit trifosfatlar (dNTP karışımı), bir tampon ve Mg+2 tuz solüsyonlarının bulunması gerekir. Termostabil DNA polimerazlar ve farklı sıcaklık derecelerini istenilen süreler için otomatik olarak ayarlayabilen PCR aletlerinin (thermal cycler) kullanıma sunulması, PCR’ın verimi ve kullanımında önemli gelişmelere yol açmıştır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Reaksiyondaki her döngü üç evreden oluşmaktadır. Bu evreler; denatürasyon, primer bağlanması (annealing) ve primerlerin uzaması (extension) evreleridir (Resim 3.3). Bir döngü 3-5 dakika sürer ve 20-30 kez tekrarlanır. Bir döngü sonunda sentezlenen ürün öncekinin iki katı kadardır (Resim 3.4). Döngü sayısı n olarak kabul edilirse 2n çoğaltılmış DNA miktarını verir. Yaklaşık 2- 3 saat süren 20 döngü sonunda, 1.048.576, 30 döngü (228) sonunda ise 270.000.000 amplifikasyon ürünü elde edilir. Denatürasyon Evresi: Çoğaltılması istenen DNA molekülü, 95oC’de 30 sn. ya da 97oC’de 15 sn. tutularak denatüre edilip tek dal hâline getirilir. Primer Bağlanması (Annealing) Evresi: Primer adı verilen ve hedef DNA bölgesi için spesifik olan 18-24 baz uzunluğundaki oligonükleotid, denatürasyon sonucu oluşan DNA tek dalındaki kendine komplementer olan nükleotid dizisine bağlanır. Primerlerin bağlanması için ortam ısısı 40-60oC’ye düşürülür. Primerlerin Uzatılması (Extension) Evresi: Bağlanma tamamlandıktan sonra primer hibritleştiği tek dalın karşılığını sentezler. Bu sentez için termostabil özelliği olan ve Thermus aquaticus adlı bakteriden elde edilen Taq polimeraz enzimi kullanılır. Bu enzim PCR’la DNA sentezi için gerekli olan yüksek optimum ısıya (Topt) sahiptir. Taq polimeraz 72oC sıcaklıkta daha iyi çalıştığı için genel olarak tüm çoğaltma işlemleri bu sıcaklıkta yapılmaktadır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
PCR ile elde edilen amplifikasyon ürünlerinin analizi ile genellikle üç çeşit bilgi elde edilebilir: 1. Hedef DNA dizisinin varlığının ve taşıdığı varyasyonun belirlenmesi 2. Hedef DNA ya da RNA’nın miktarının belirlenmesi için çoğaltılmış PCR ürününün miktarının ölçülmesi 3. Dizi analizi
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Çoğaltılmış ürünlerin saptanması ve doğrulanması için çeşitli yöntemler kullanılabilir. Bu yöntemler arasında en basit ve genel olanı elektroforezdir. Agaroz ya da poliakrilamid jellerde, bir floresan boya olan ve DNA ipliklerinin arasına giren, etidyum bromür (EtBr) boyaması ile ürünler görülür. Boyamadan sonra DNA, jelde bir UV transillüminatörden yararlanılarak görülebilir hâle gelir. Boyutu bilinen marker DNA’lar ve kontrol PCR ürünleri de aynı elektroforez jeline uygulanır, böylece amplifikasyon ürününün boyutu hakkında bilgi edinilir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Günümüzde PCR yöntemi mutasyonların tanımlanması, prenatal tanı, adli tıpa ilişkin DNA dizi analizleri, bakteriyel ve viral infeksiyonların taranması ile genomik DNA dizi analizi çalışmaları gibi işlemlerde rutin olarak kullanılmaktadır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Amaca göre geliştirilmiş; nested, reverse transkripsiyon, touchdown, multipleks ve eş zamanlı gibi temelde PCR tekniğine dayanan farklı PCR çeşitleri bulunmaktadır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
İç içe (Nested) PCR özgün olmayan ürünlerin oluşumunu engellemek ve PCR tekniğinin spesifikliğini arttırmak için kullanılan bir PCR yöntemidir. Bu PCR metodunda iki farklı set primer çifti kullanılarak iki PCR işlemi yapılır. İlk PCR işleminde iki adet dış primerler kullanılır ve hedef molekül üzerinde uzun bir bölgenin amplifikasyonu yapılır. İkinci PCR işleminde ilk PCR sonucunda elde edilen DNA dizisi üzerinde iç primerler kullanılarak yeniden çoğaltma işlemi yapılır. İç primerlerin çoğalttığı DNA parçası, dış primerlerin çoğalttığı DNA parçasının içerisinde yer alır ve istenilen hedef bölge çoğaltılarak özgün ürünler elde edilir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Ters (Reverse) Transkripsiyon PCR (RT-PCR); Rekombinant DNA teknolojisinde bazı mutasyonların analizi DNA üzerinden değil RNA üzerinden yapılmaktadır. RNA analizlerinin DNA’dan farkı yalnızca ekzon baz dizilerine sahip olmaları ve protein ekspresyonu çalışmalarında kullanılabilmeleridir. Bu yöntemde önce mRNA’dan reverse transkriptaz enzimi yardımıyla cDNA sentezlenir. Sonra cDNA’nın PCR ile çoğaltılması gerçekleşir. Bu aşamadan sonra pek çok farklı analiz yöntemiyle aranan marker saptanabilir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Bu PCR yönteminde optimal primer bağlanma derecesini belirlemek amacıyla başlangıçta primer bağlanma sıcaklıkları yüksek tutulup sikluslar arasında 1-2°C düşürülerek uygun sıcaklık derecesi belirlenir. Daha sonraki amplifikasyon siklusları bu sıcaklıkta tamamlanarak hedef bölge çoğaltılmaktadır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Çoklu (multipleks) PCR, aynı DNA kalıbı kullanılarak çok sayıda gen veya ürününün birden fazla primer seti kullanılarak çoğaltılması işlemidir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Higuchi ve arkadaşları tarafından geliştirilen eş zamanlı PCR’ın temel amacı, çok düşük miktarda olsa bile bir örnekteki spesifik nükleik asit dizilerini kesin şekilde ayırmak ve ölçmektir. PCR’ın, modern floresan kimyasallarla birleşmesi ve amplifikasyonun reaksiyon boyunca izlenmesi eş zamanlı PCR’ın temelidir. Eş zamanlı PCR’da bir örnekteki spesifik bir hedef dizi amplifiye olur ve sonrasında floresan teknolojisi ile amplifikasyonun ilerleyişi görüntülenir. Eş zamanlı PCR’ın kullanım alanları arasında, biyolojik örneklerden elde edilen DNA’nın kopya sayısını ve mRNA düzeyini kantitatif olarak belirleme, SNP analizi, DNA hasarı ve metilasyon tayini, kromozom bozukluklarının ve patojenlerin belirlenmesi yer almaktadır
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Eş zamanlı PCR sistemi klasik PCR kullanımına göre pek çok avantaj ve dezavantaja sahiptir. Bunlar: Avantajları: • Yöntemin en önemli avantajları arasında hassas, verimli, hızlı ve kontaminasyon riskinin düşük olması sayılabilir. • Klasik PCR belirli sayıda çevrimden sonra ölçüme izin verirken eş zamanlı PCR veriyi eksponansiyel büyüme fazında elde eder. • Raportör floresan sinyalindeki artış doğrudan üretilen PCR ürün miktarıyla orantılıdır. • Hedef sekansı tespit eden dinamik aralık oldukça geniştir. • PCR sonrası ek işlemlere ihtiyaç duymaz. • Duyarlılık başlangıç materyalindeki sadece 2 katlık bir değişime kadar düşürülebilmektedir. Dezavantajları: • Amplikon boyutu sistem açılmaksızın takip edilememektedir. • Mevcut sistemler multipleks yetkinliğini sınırlandırmaktadır. • Bazı sistemler florejenik kimyasallarla uyumsuzluk göstermektedir. • Kullanılan teknoloji, kalite yetkinlik ve kontrol düzenlemeleriyle denetlenirse güvenli sonuçlar vermektedir. • Standardize edilmiş analiz sistemleri ise her yeni uygulamada optimizasyona ve validasyona ihtiyaç duyar. Aksi hâlde eş zamanlı PCR sistemi oldukça fazla miktarda ancak doğru olmayan veri sunacaktır.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?
Amplifikasyon sürecini göstermek için farklı boya ve problar kullanılmaktadır. Bunlar: Dizi spesifik olmayan floresan boyalar: Bu tür boyalar DNA molekülünün tamamına bağlanabilen boyalardır. Sıklıkla kullanılan SYBR Green I boyası, çift sarmallı DNA’ya bağlanarak floresan sinyallerin artmasını sağlar ve genellikle gen dozajını belirlemek için kullanılır. Dizi spesifik floresan problar: Hedef diziye özgül ve floroforlarla işaretli problardır. Spesifik DNA dizisi mevcut ise reaksiyona katılırlar. Dizi spesifik problar hibridizasyon ve hidroliz problarını içerir.
Cevabın yayımlanmış cevapla uyuştu mu?